A Embrapa foi criada em 26 de abril de 1973, iniciando as suas atividades no estado de Roraima na década de 80, quando pesquisadores lotados na Embrapa em Manaus realizavam pesquisas em Roraima, como extensão das ações desenvolvidas no Estado do Amazonas.

Porém, só em 1980 foi instalado em Boa Vista (RR) o Núcleo de Execução de Pesquisa vinculado ao Centro de Pesquisa Agropecuária do Tropico Úmido (CPATU) com sede na cidade de Belém (PA) hoje Embrapa Amazônia Oriental.

Em 13 de agosto de 1981 foi criada, pela Embrapa, a Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Boa Vista (UEPAT de Boa Vista), que teve sua sede instalada no ano seguinte (1982) no centro da cidade de Boa Vista (RR).

Com a promulgação da Constituição Federal do Brasil em 1988, a unidade passou a ter a denominação de Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Boa Vista). Em 1985 a sede administrativa passou a funcionar no distrito industrial da cidade e, em 1991, esta unidade regional foi transformada em Centro de Pesquisa Agroflorestal de Roraima (CPAF-RR) , conhecida pelo nome síntese de Embrapa Roraima.